
Sakaizawa Honami
東京工業大学大学院 生命理工学研究科生体分子機能工学専攻
分子動力学(MD)シミュレーションとは、コンピュータを使って原子、分子の動きを再現する手法です。実験的手法のみでは知ることの難しいDNAやタンパク質などの生体分子の動的側面を明らかにすることができ、IT創薬の技術としても注目されています。私は現在このMDシミュレーションを用いてタンパク質の二量体化過程を研究しています。
コンピュータ・シミュレーションとはなんらかの現象をコンピュータでシミュレートする事であり、これを用いれば実験では見る事の難しいタンパク質やDNAなどの動的側面を再現し、検証することができる。現在IT創薬(コンピュータシミュレーションを用いて薬を創る)の期待が高まっている。その仕組み、シミュレーションの行い方を理解し実践するための専門的な本棚。本来数学、物理の素養が非常に求められる分野であるが、生物や化学を専門とする人でもわかりやすい本である。まずは手前の本で分子動力学を勉強して必要に応じて他の参考書を読めばよい。
日本では差別や人種、階級といってもピンとこないですよね。でも「専門書は堅すぎる」&「洋書のオススメが知りたい!」方に、誰でも楽しめるベストセラーを紹介します。わからない単語はいっぱいですが、スラングを知るよいチャンスと思って調べてもよし、読み飛ばしても内容はわかるので大丈夫です。オバマ大統領就任前後のリアルな人々の様子が垣間見えます。
この本棚では、MOOCとオープンエデュケーションの書籍を扱っています。MOOC(Massive Open Online Coursesの略、ムーク)とは、インターネット上で誰もが無料(一部安価)で受講できる、大規模に開かれた講義のことです。初耳の方(①・②おすすめ)は概要と使い方を確認することで、きっと使ってみたくなるでしょう。既に利用されている方(③・④おすすめ)は成り立ちや問題点について学べるだけでなく、MOOCの未来を議論したくなるでしょう。Edtech(教育工学)に関心のある方は勿論のこと、反転学習やアクティブラーニングとの相関も強いので、教育関係者も必読です。
生物学にもデータ解析の波が訪れているようで。この本棚では今までビッグデータ解析をやったことの無い生命系の勉強や研究をされている方を対象に、僕が使用した本をご紹介します。バイオインフォマティクスとやらを使うと何ができるのかということを知りたい方は本棚の前半に配置した本を、もっと深く学びたいという方は後半に配置した本をご覧になるといいかと思います。
pythonを使ったバイオインフォマティクスの基礎を学んだ際に利用した本を集めます。一口にバイオインフォマティクスといっても色々な分野の解析がありますが、この本棚ではそれらの解析を行うための基礎を学べるような本を並べたいと思います。Pythonというプログラミング言語の基本を学んで、簡単なデータ解析が出来るようになりたい方を対象とします。
読書ログ機能を公開予定